(1) Органи на фонда са:
1. управителният съвет;
2. изпълнителният директор.
(2) Управителният съвет се състои от 11 членове. Министърът на земеделието и храните и горите е член и председател на управителния съвет по право. Четирима от членовете на управителния съвет се определят от министъра на земеделието и храните и горите, като най-малко двама от тях са заместник-министри. Министърът на финансите, министърът на икономиката, инвестициите и индустрията, министърът на околната среда и водите, министърът на труда и социалната политика и министърът на регионалното развитие и благоустройството определят по един заместник-министър за член на управителния съвет.
(3) Министърът на земеделието и храните и горите след съгласуване с министър-председателя предлага на управителния съвет да избере изпълнителен директор на фонда, който е член на управителния съвет по право.
(4) Изпълнителният директор на фонда е първостепенен разпоредител с бюджет.