Музеите се ръководят независимо от вида на организацията и формата на собственост:
1. методически - от Министерството на културата;
2. в административно-организационно отношение - от кмета на общината или собственика;
3. в научноизследователската дейност - от Българската академия на науките и съответните ведомствени и научноизследователски институти и учреждения.