(1) Фондът се управлява от управителен съвет, който се състои от 11 членове, както следва:
1. представител на Министерството на енергетиката, определен от министъра на енергетиката;
2. представител на Министерството на икономиката, инвестициите и индустрията, определен от министъра на икономиката, инвестициите и индустрията;
3. представител на Министерството на околната среда и водите, определен от министъра на околната среда и водите;
4. представител на Министерството на регионалното развитие и благоустройството, определен от министъра на регионалното развитие и благоустройството;
5. изпълнителния директор на агенцията;
6. шестима представители, избрани от общото събрание на донорите на фонда, както следва:
(2) Мандатът на членовете на управителния съвет е две години.
(3) Управителният съвет избира председател измежду членовете си за срок една година.
(4) След изтичането на срока за заемане на длъжността председател членът на управителния съвет, заемал тази длъжност, остава член на управителния съвет до изтичането на мандата.
(5) Член на управителния съвет не може да е физическо лице, както и представител на юридическо лице, което е:
1. осъждано за умишлено престъпление от общ характер;
2. съпруг или роднина по права или по съребрена линия до четвърта степен и по сватовство до трета степен включително с друг член на управителния съвет на фонда;
3. по служебно правоотношение или по трудов договор в администрацията с изключение на лицата по ал. 1, т. 1 – 5.
(6) Когато за член на управителния съвет възникне някое от обстоятелствата по ал. 5, той е длъжен в 7-дневен срок от настъпването на обстоятелството да уведоми председателя на управителния съвет.
(7) Общото събрание на донорите взема решение за освобождаването на член на управителния съвет при възникване на обстоятелство по ал. 5.
(8) Информацията за обстоятелствата по ал. 5, т. 1 в случаите по ал. 1, т. 1 – 5 се изисква и получава от администрацията на съответното министерство и агенцията.