В изпълнение на своите цели фондът основава дейността си на следните принципи:
1. прозрачност при управлението на средствата;
2. равнопоставеност на всички кандидати за финансиране от фонда;
3. партньорство и сътрудничество с физически и юридически лица – търговци по смисъла на Търговския закон или по смисъла на законодателството на друга държава – членка на Европейския съюз, или на друга държава – страна по Споразумението за Европейското икономическо пространство, или на Конфедерация Швейцария, както и с юридически лица с нестопанска цел за съвместно финансиране на проекти по енергийна ефективност и на проекти за производство на енергия от възобновяеми източници.